เอเลนอร์เกิดในเดือนตุลาคมหรือพฤศจิกายน ค.ศ. 1292 ที่ปราสาทคายร์ฟิลลีในแกลมอร์แกน ปราสาทขนาดใหญ่ที่บิดาของเธอเป็นผู้สร้างขึ้นมา มารดาของเธอคือโจนแห่งเอเคอร์ พระราชธิดาคนที่สองในบรรดาพระราชธิดาห้าคนที่มีชีวิตรอดของพระเจ้าเอ็ดเวิร์ดที่ 1 ส่วนบิดาของเธอคือกิลเบิร์ต 'แดง' เดอ แคลร์ เอิร์ลที่ 7 แห่งกลอสเตอร์ เธอเป็นบุตรคนที่สองของกิลเบิร์ตและโจน ในตอนที่เอเลนอร์เกิดโจนมีพระชนมายุ 20 พรรษา ส่วนกิลเบิร์ตมีอายุ 49 ปี เอเลนอร์มีพี่ชายหนึ่งคนคือกิลเบิร์ด บุตรชายและทายาทของบิดามารดาซึ่งเกิดในปี ค.ศ. 1291 เธอมีน้องสาวสองคน คือ มาร์กาเร็ตซึ่งน่าจะเกิดในช่วงครึ่งปีแรกของ ค.ศ. 1294 ซึ่งต่อมากลายเป็นภรรยาของเพียส การ์เวสตัน กับเอลิซาเบธซึ่งเกิดในเดือนกันยายน ค.ศ. 1295 เอเลนอร์มีอายุน้อยกว่าพระเจ้าเอ็ดเวิร์ดที่ 2 ผู้เป็นน้าชายเพียง 8 ปีครึ่ง

กิลเบิร์ต พี่ชายของเอเลนอร์เติบโตในครัวเรือนของพระราชินีมาร์เกอรีต ยายเลี้ยงที่น่าจะแก่กว่ากิลเบิร์ตเพียง 9 ปี กิลเบิร์ตแดง บิดาของพี่น้องเดอ แคลร์ถึงแก่กรรมในเดือนธันวาคม ค.ศ. 1295 ด้วยวัย 52 ปี หลังจากที่เอลิซาเบธ บุตรคนสุดท้องเกิดได้ไม่กี่อาทิตย์ ในปี ค.ศ. 1296 โจนผู้เป็นม่ายได้ยกปราสาทบริสตอลให้เป็นที่พักอาศัยของลูกๆ ในช่วงต้นปี ค.ศ. 1297 ขณะเอเลนอร์มีอายุได้ 4 ปี โจนได้สมรสใหม่กับราล์ฟ เดอ มอนเธอร์เมอร์ ผู้ติดตามของสามีโดยที่ยังไม่ได้รับพระราชานุญาตจากพระราชบิดาที่หวังจะจับพระนางสมรสกับเคานต์แห่งซาวอย โจนน่าจะพาลูกๆ ไปร้องขอความเห็นใจจากพระราชบิดา คาดว่าพระนางคงหวังให้พระนัดดาตัวน้อยๆ ช่วยเรียกความเมตตาจากกษัตริย์ แต่ไม่ได้ผล โจนถูกยึดที่ดิน เดอ มอนเธอร์เมอร์ถูกจับขังคุก แต่สุดท้ายกษัตริย์ก็ทำใจว่าพระองค์ไม่สามารถยกเลิกการสมรสของทั้งคู่ได้ และอาจจะด้วยความรักที่มีพระธิดา เมื่อเห็นว่าพระนางลำบากกับการตั้งครรภ์ พระเจ้าเอ็ดเวิร์ดจึงยอมใจอ่อนและยอมรับการสมรส